La Scuola nasce il 10 agosto 1979 e prende la denominazione di S.M. “Giuseppe Pagoto” su proposta avanzata dal Collegio dei professori del 14 novembre del 1979, presieduto dal Preside Prof. Salvatore Giurlanda. Intitolando la Scuola a Giuseppe Pagoto “si è voluto dare una testimonianza di stima e di rispetto ad un uomo di altissimo livello culturale, semplice ed umile pur nella sua grandezza e nel suo alto ingegno. È una delle figure più rappresentative che hanno reso onore ad Erice ed alla Sicilia nel campo della cultura”. Nel 1997 l’Istituto è diventato ad Indirizzo Musicale; dall’anno scolastico 1999, viene offerta agli alunni la possibilità di scegliere tra i seguenti strumenti: violoncello, chitarra, pianoforte, flauto. Il 31 agosto 2000, la scuola è diventata Istituto Comprensivo aggregando la Scuola Primaria e la Scuola dell’Infanzia Walt Disney. Nell’anno scolastico 2006/2007, il Comune di Erice ha consegnato un nuovo Plesso in C.da Rigaletta denominato Scuola Alfamediale “Giovanni Paolo II”. Nell’anno scolastico 2012/2013, in seguito al dimensionamento sono stati accorpati due nuovi Plessi: Ballata e Napola. Nell’a.s. 2014-15 il plesso Ballata non è più sede dell’Istituto. Diversi Presidi si sono succeduti nel corso degli anni: i Presidi Prof. Salvatore Giurlanda, Luigi Consiglio e i Dirigenti scolastici incaricati Proff. Vincenzo Liotta, Mario D’Atri,
Giuseppe Pellegrino, Maria Lea Eliseo, Maria Rosaria Cataldo, Enrico Porracchio, Antonino La Vela, Anna Bica e Maria Laura Lombardo. A partire dall’ anno scolastico 2014-15 guida l’Istituto il Dirigente Scolastico Prof.ssa Giorgina Gennuso.